ロボットのMega Manは、この続編で悪のDr. Cossackとその手下のロボットたちに立ち向かう。Mega ManはMega Busterを駆使して、横スクロールのアクションステージで敵を撃破していく。今回はBボタンを押し続けることでBusterをチャージでき、より強力な一撃を放つことが可能だ。また、A+下入力でMega Manはすばやくスライド移動ができる。さらに、Mega Manのロボット犬アシスタントであるRush Coilを使えば、高い場所やプラットフォームへとジャンプして到達することもできる。ステージは8つあり、それぞれ独自のテーマとRobot Masterボスが設定されている:Toad Man、Pharaoh Man、Bright Man、Drill Man、Dive Man、Ring Man、Dust Man、そしてSkull Manだ。各ステージには独自のプラットフォーム、落とし穴、トラップが配置されており、センス良くデザインされたステージ専用のロボット敵キャラクターも登場する。