Dr. Lightが生み出した心優しきロボット、Mega Manとなって、邪悪なDr. Wilyの発明した8体の敵ボスロボットを撃破し、髑髏の形をした多ステージ構成の本拠地へと乗り込もう。難易度を選択した後、パスワードを入力するか、レベルセレクト画面へと進むことができる。この画面には9つのアイコンが並んでおり、そのうち8つがボスキャラクターを描いている。登場するボスは、Air Man、Bubble Man、Crash Man、Flash Man、Heat Man、Metal Man、Quick Man、Wood Manの8体だ。中央の9番目のマスはDr. Wilyを表しており、選択することはできない。ボスロボットはどの順番でも挑戦できるが、一つ注意点がある。ボスを倒すと、最初はアームキャノンのみを装備しているMega Manが、倒した敵からテーマに沿った武器を入手できるのだ(例:Air ManのAir Shooter、Wood ManのLeaf Shield、Heat ManのAtomic Fireなど)。
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