残忍なロボットたちを操り、混乱を引き起こし、Dr. Lightを誘拐する?あのオシャレなサングラスにもかかわらず、Proto Manのやっていることはまったくクールじゃない――少なくとも、そう見える。幸いなことに、彼の青いロボットの弟分であるMega Manとして、あなたはすぐさま現場へ駆けつけ、8人のRobot Mastersに立ち向かいながら真相と敵を暴いていく:Charge Man、Crystal Man、Gravity Man、Gyro Man、Napalm Man、Star Man、Stone Man、そしてWave Man。それぞれが独自のセレクト可能な横スクロールステージで待ち構えており、仲間の悪党の一人に対して特に有効な入手可能な武器を携えている。これはどこかの狂った科学者の頭から生まれたシナリオにそっくりだが、それはさておき、これらのステージや後半のアジトステージには耳を引くBGMが流れ、興味深いトラップが至る所に仕掛けられている。