Mega Manが再び登場し、8体の敵Robot Mastersにアームキャノンを向け、最終的にはDr. Wilyへと挑む。ステージセレクト画面には、Gemini Man、Hard Man、Magnet Man、Needle Man、Shadow Man、Snake Man、Spark Man、Top Manといった全ての敵が並ぶ。Mega Manが敵を倒すと、Spark Shock、Gemini Laser、Hard Knuckleなど、その相手の武器を手に入れることができる。獲得した各武器には独自の補充可能なパワーメーターがあり、特定のMasterに対して特に有効なため、各ボスの弱点を見極めてステージを選ぶことが攻略の鍵となる。各ステージにはそれぞれのボスを反映した要素が散りばめられており、Snake Manのアジトは緑色でうろこ状、Shadow Manのねぐらでは定期的に暗闇に包まれ、Needle Manの領域には出し入れ可能なトゲが随所に配置されている。
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