El robot Mega Man debe enfrentarse al villano Dr. Cossack y sus secuaces robóticos en esta secuela. Mega Man usa su fiel Mega Buster para eliminar enemigos en niveles de plataformas con scroll lateral. Esta vez, el Buster puede cargarse manteniendo pulsado B para conseguir un disparo mucho más poderoso. Mega Man puede saltar y también deslizarse rápidamente mediante A + ABAJO.