Le robot Mega Man doit affronter le vil Dr. Cossack et ses sbires robotiques dans cette suite. Mega Man utilise son fidèle Mega Buster pour éliminer les ennemis dans des niveaux de plateforme en défilement horizontal. Cette fois-ci, le Buster peut être chargé en maintenant B enfoncé pour un tir bien plus puissant. Mega Man peut sauter et également glisser rapidement grâce à A + BAS.