この1対1の格闘ゲームでは、プレイヤーはストーリーモードで4人のNinja Turtles(Leonardo、Michelangelo、Donatello、またはRaphael)の中から1人を選んで操作し、残りの3人を倒した後、Casey Jones、Hot Head、そして最後に悪のShredderに挑みます。ゲームプレイは1本の水平ライン上で展開され、プレイヤーは前後の移動、ジャンプ、しゃがみ、攻撃、そしてガードが可能です。キャラクターによって移動速度やジャンプ速度が異なり、攻撃時のダメージ量も違います。試合は3本勝負の2本先取制で、どちらかのファイターのエネルギーゲージが尽きるとラウンド獲得となります。各キャラクターの操作は共通しており、Bボタンでパンチ、Aボタンでキックが繰り出せ、ジャンプ中やしゃがみ中にもそれぞれのバリエーションが使用可能です。相手に接近してBボタンを押すと近距離攻撃/投げが出せるほか、前方向に2回入力してからAまたはBボタンを押す溜め攻撃も利用できます。