Diriger des robots cruels, semer le chaos et enlever le Dr. Light ? Malgré ses lunettes stylées, Proto Man n'agit vraiment pas bien - ou du moins, c'est ce qu'il semblerait. Heureusement, en tant que son petit frère robot bleu, Mega Man, vous êtes rapidement sur les lieux pour débusquer faits et ennemis en affrontant huit Robot Masters : Charge Man, Crystal Man, Gravity Man, Gyro Man, Napalm Man, Star Man, Stone Man et Wave Man.