Maximum, Inc.のRebecca Madisonは、Metropia(そしてそれ以上)を支配しようとしている。故郷であるNew York Cityの未来の姿を守るため、Phantomは一連の不正行為の痕跡を追い、ついには人類全体を脅かすテロ攻撃の真相へと迫っていく。本作は全七章で構成されており、それぞれがストーリーの異なる部分をカバーしている。具体的な内容はPhantomの行動によって変化する。たとえば、パンサーを救出した後には二つの選択肢が用意されており、どちらを選ぶかによって探索できる新たなエリアが開放される。このタイトルにはこうした分岐点が数多く存在し、Phantomが左右どちらに進むかといったシンプルな選択が求められる場面もある。これらの選択はストーリーに影響を与えるだけでなく、プレイヤーの行動によって全20種類のエンディングのいずれかに到達することになる。ただし、「グッドエンディング」と呼べるものはほんのわずかだ。とはいえ、本作はデシジョンツリーだけで成り立っているわけではない。