Rebecca Madison de Maximum, Inc. quiere apoderarse de Metropia (y más allá). Por el bien de su ciudad natal, una futura encarnación de New York City, Phantom sigue un rastro de acciones ilícitas para llegar al fondo de los recientes ataques terroristas que en última instancia amenazan a la humanidad en su conjunto. Este juego tiene siete capítulos, que cubren partes distintas de la historia. El contenido exacto depende de las acciones de Phantom.