Rebecca Madison de Maximum, Inc. veut s'emparer de Metropia (et au-delà). Pour sauver sa ville natale, une future incarnation de New York City, Phantom suit une piste d'actions illicites pour élucider de récentes attaques terroristes qui menacent ultimement l'humanité tout entière. Ce jeu comporte sept chapitres, qui couvrent des parties distinctes de l'histoire. Le contenu exact dépend des actions de Phantom.