Rebecca Madison, da Maximum, Inc., quer dominar Metropia (e muito mais). Pelo bem de sua cidade natal, uma encarnação futura de Nova York, Phantom segue uma trilha de ações ilícitas para chegar ao fundo de recentes ataques terroristas que, em última instância, ameaçam a humanidade como um todo. Este jogo tem sete capítulos, que cobrem partes distintas da história. O conteúdo exato depende das ações de Phantom.