ロボ・ユートピアの創設者が敵だと?まさか!Dr. Dopplerの腐敗が、その名を冠した都市に住むReploidたちにどんな影響を与えるか、誰が予測できただろうか?Dr. Cainにはそれができなかったが、Maverick Hunter HQはMega Man XとそのパートナーであるZeroの卓越した機動力によって敵の猛攻を耐え抜く。横スクロールステージで1回だけZeroを呼び出し、稲妻のような一撃を繰り出せるようになったものの、リスクも伴う――1度でもやられてしまうと、彼は永久に使用不能になってしまうのだ。また、今作の8体の凶悪なボスたち――Blast Hornet、Blizzard Buffalo、Crush Crawfish、Gravity Beetle、Neon Tiger、Toxic Seahorse、Tunnel Rhino、Volt Catfish――との戦いを含む(ほとんどの)ボス戦前に、Zeroはその場を離れてしまう。