Le fondateur de la robo-utopie est un ennemi ? Oh non ! Qui aurait pu prévoir l'effet du corrompu Dr. Doppler sur les résidents Reploid de sa ville éponyme ? Dr. Cain n'en était pas capable, mais son Maverick Hunter Headquarters résiste à leur assaut grâce à l'agilité combinée de Mega Man X et son ami, Zero.