高貴なロボット、Xとして、あなたは邪悪なSigmaの機械化された手下たちとの戦いに一瞬も気を緩める暇などなかった。その敗れたReploidのMaverickたち、X-Huntersの3体が、横スクロールステージに8体の新たな電子ボス(Bubble Crab、Crystal Snail、Flame Stag、Magna Centipede、Morph Moth、Overdrive Ostrich、Wheel Gator、Wire Sponge)を配置した。それぞれのステージでは、X-Busterの射撃精度とプラットフォームアクションの腕前が試される。ボスを倒すと、特定の敵に対して特に有効な、ゲージ制限付きのユニークな武器を手に入れることができる。しかし、これらの回路を持つ強敵たちを倒す最適な順番を見極めることだけが、あなたの課題ではない。倒れた仲間・Zeroの存在も、もう一つの重要な問題だ。各X-Hunterは彼の機体の一部を人質に取り、ランダムなステージの隠し場所に潜んでいる。