宇宙船Enterpriseが未知の宙域へと飛ばされた後、あなたはジェームズ・T・カーク艦長と乗組員たちを指揮して船を修理し、次元ゲートに隠された謎を解き明かさなければなりません。Enterpriseを操って惑星から惑星へと飛び回り(Romulanとの宇宙船バトルも適度に盛り込まれています)、惑星に降り立つための着陸パーティを編成しながら探索を進めていきます。パーティはKirkを含む3人の乗組員で構成され、Spock、McCoy、そして異なる専門を持つ多数の赤シャツ隊員の中から2人を選ぶことができます。ビームで降下した後は、トップダウン視点でエリアを移動し、クエストを進めるための新たなアイテムや手がかりを探していきます。現地の文明と会話するだけでなく、tricorderでオブジェクトのスキャンを行ったり、phaserで敵をスタン/キルしたりすることも可能です——ただし、戦闘はゲーム内のあらゆる問題における最適解ではありません。