Après que le vaisseau Enterprise a été propulsé vers une région inconnue de l'espace, c'est à vous de diriger le Capitaine James T. Kirk et son équipage pour réparer le vaisseau et découvrir le mystère derrière une porte dimensionnelle. Vous utiliserez l'Enterprise pour voler de planète en planète (avec quelques batailles spatiales contre les Romulans pour pimenter l'aventure), et constituer un groupe d'atterrissage pour explorer les environs.