Solid Snakeは、Higharolla Kockamamieの要塞に潜入し、彼のMetal Gear戦争メカを破壊して、その恐怖支配に終止符を打たなければならない。プレイヤーはジャングル、廃村、貨物船、さらには高速列車の中を、パトロール中の警備員の視線を避けながら隠密行動でクリアするという任務を課せられる。Snakeが発見されると警報が鳴り響き、大混乱に陥る——プレイヤーは逃げるか戦うかを迫られることになる。銃を乱射しながら強引に突破することも可能だが、進行の鍵となるのは忍耐と機転であり、時には警備員を完全にやり過ごすことも必要だ。あらゆる手段で衝突を避け、戦闘は最終手段としてのみ行うという判断が、成功と失敗を分ける重要な要素となる。ゲームはトップダウン視点でプレイされ、特定の分岐点ではサイドスクロールアクションのセグメントに切り替わる。