Solid Snake doit s'infiltrer dans la forteresse de Higharolla Kockamamie et détruire ses mechs de guerre Metal Gear, mettant fin à son règne de terreur. Le joueur est chargé de se faufiler discrètement à travers une jungle, un village abandonné, un cargo et même un train à grande vitesse tout en évitant le champ de vision des gardes en patrouille. Si Snake est repéré, l'alarme retentit et c'est le chaos total – forçant le joueur à fuir ou à se battre.