Solid Snake debe infiltrarse en la fortaleza de Higharolla Kockamamie y destruir sus mechs de guerra Metal Gear, poniendo fin a su reinado de terror. El jugador tiene la misión de avanzar sigilosamente por una jungla, un pueblo abandonado, un carguero e incluso un tren de alta velocidad mientras evita el campo de visión de los guardias en patrulla. Si Snake es detectado, suena la alarma y se desata el caos total – obligando al jugador a huir o combatir.