Segaのアーケードゲームを移植した本作では、プレイヤーは子どもたちを誘拐した犯罪組織を壊滅させるため、忍者のJoe Musashiを操作します。最初は手裏剣と、敵が近づいた際のパンチ・キックで武装し、プレイヤーはチンピラや悪の忍者たちを倒しながら、人質となった子どもたちを救出しつつステージを駆け抜けます。通常、プレイヤーは二つの水平ライン間を上下にジャンプして進むことができますが、ダメージを受けずに移動するには忍耐と注意が必要です。子どもを救出することで得点が加算され、体力が回復し、JoeはThrowingStarの代わりに銃を手に入れ、一部のステージ終盤ではボーナスステージが解放されます。このボーナスステージは巧みなファーストパーソン視点で構成されており、プレイヤーは飛びかかってくる忍者たちに手裏剣を投げなければなりません。成功すると、いくつかの「ニンジャマジック」のうちの一つが報酬として与えられ、次のステージで敵を10体倒すと発動できます。