この横スクロールアクションゲームでは、プレイヤーがゴジラやモスラ、そしてそれぞれの能力を駆使して、各惑星に登場する敵モンスターを倒していく。ゲームを開始してまず目に飛び込んでくるのは、基本的な地形やボスモンスターが表示された六角形グリッドの移動マップだ。ヘックスに移動すると小さなアクションステージが始まり、クリア後は再びマップ上を移動できる。これらのアクションステージは、プレイヤーが選んだモンスターによってプレイ感覚がまったく異なる。ゴジラは地上戦が中心で、パンチ、ジャンプ、そしてパワーメーターで制限される放射熱線を使うことができる。モスラは空を飛ぶため、ゲームはside-scrolling shooterの様相を呈する。これらのステージには、ドラゴン、UFO、フェニックスといった個性的な敵キャラクターのほか、砲台や機械装置なども登場する。ゴジラで弾をよけるのはかなり難しく、飛行能力がない分、モンスターを回避するのも一苦労だ。