このストラテジー/格闘ゲームでは、宇宙人がモンスターを操って日本を支配しようとしており、それを阻止できるのはGodzillaだけだ。操られているモンスターたちはGodzillaの最強の宿敵たちで、King Ghidorah、Mechagodzilla、Biollante、Battra、Mecha-King Ghidorahなどが登場する。ゲームプレイには「移動」と「バトル」という2つのモードがある。移動モードでは、画面が水平に分割され、上半分にはGodzillaが歩いてビルを破壊するシネマティックな映像が映し出され、下半分にはマップ上のGodzillaの位置が表示される。プレイヤーはマップ上でGodzillaを操作しながら、宇宙人が現在コントロールしているモンスターを探し出さなければならない。移動中、Godzillaはエネルギー補給基地で体力を回復したり、攻撃・防御のパワーアップアイテム(バトルモード用)を取得したり、ワープポータルを使ってマップの別エリアへ移動したりすることができる。