Dans ce jeu de stratégie/combat, des envahisseurs extraterrestres contrôlent des monstres pour envahir le Japon, et Godzilla est le seul à pouvoir les arrêter. Les monstres manipulés comptent parmi les pires ennemis de Godzilla, notamment King Ghidorah, Mechagodzilla, Biollante, Battra et Mecha-King Ghidorah. Le jeu propose deux modes de gameplay tout au long de l'expérience – le déplacement et le combat.