Dr. Wilyが刑務所を脱走した!バスターで思いっきりぶちかませ!あなたはMega Man、そして悪の博士との戦いはこの16ビット作品でも続いていく。あの狂気の科学者がまた8体の凶悪ロボットを生み出した:Burst Man、Cloud Man、Freeze Man、Junk Man、Shade Man、Slash Man、Spring Man、そしてTurbo Manだ。それぞれのテーマステージで撃破すると、Slash ClawやJunk Shieldといった補充可能な選択式武器が、頼もしいチャージ式アームキャノンに追加される。各武器は特定のボスに対して絶大な効果を発揮するため、攻略順序を見極めることが攻略の鍵となる。オープニング後に使用できるのは4つのステージのみなので、この順序の探索は比較的シンプルだ。これらとRobot Museumでの事件を乗り越えると残りの4体が解放され、その先にはWilyの要塞がそびえ立つ。