Dr. Wily s'est évadé de prison, alors écrasez-le avec votre Buster ! Vous êtes Mega Man, après tout, et combattre le mauvais docteur reste votre devoir dans cet épisode 16-bit de la série. Ce scientifique exaspérant a créé huit nouveaux robots maléfiques : Burst Man, Cloud Man, Freeze Man, Junk Man, Shade Man, Slash Man, Spring Man et Turbo Man.