G.I. Joeチームは、この横スクロールシューティングゲームで再び邪悪なCobraを倒さなければならない。プレイヤーはGeneral Hawkからスタートし、最初からパンチとマシンガンを使いこなせる。他のJoeチームのメンバーは、特定のステージをクリアすることでアンロックできる。各ステージでは最大3人のJoeメンバーを選択してプレイでき、それぞれ独自の初期ライフバーの長さ、ジャンプの高さ、そして特殊能力を持っている。例えば、Dukeは上下に射撃でき、Wet Suitは水中を移動でき、Storm ShadowとSnake Eyesは近接攻撃に剣を使用する。俯瞰マップ上では、Cobra本部へ向かうルートを自由に選択でき、プレイの自由度が確保されている。ステージは2種類あり、ラジオを回収するシンプルで短いステージと、爆発物の設置や人質救出といったタスクをこなしてから敵のボスに挑む、より複雑なベースステージがある。