予言された闇から逃れるため、12のLemmingsの部族は新天地へと旅立たなければならない。プレイヤーはカーソルを駆使して、サイドビューで繰り広げられる彼らの旅を細かくマネジメントしていくことになる。前作からスキルセットが大幅に拡張され、Lemmingsに教えられる能力はなんと50種類にも及ぶ。おなじみのBasher、Floater、Diggerはもちろん、Laser Blaster、Surfer、Super Lemといった強力なアビリティまで揃っている。プレイヤーはカーソルを使ってLemmingsにスキルを割り当て、各レベルを生き延びて脱出させなければならない。様々な部族はレベルのテーマとして機能しており、Sports Lemmings、Space Lemmings、Medieval Lemmingsなど個性豊かなラインナップが揃っている。各部族はそれぞれ固有のスキルの組み合わせを持っており、そのレベルに独自のビジュアルと雰囲気を与えている。