Pour échapper à une obscurité prophétisée, 12 tribus de Lemmings doivent voyager vers une nouvelle terre, et il revient au joueur de gérer minutieusement leur périple en vue latérale à l'aide d'un curseur. Élargissant considérablement l'ensemble de compétences du titre précédent, il existe désormais 50 capacités différentes à enseigner aux Lemmings, allant des classiques Basher, Floater et Digger aux plus extrêmes Laser Blaster, Surfer et Super Lem.