プレイヤーはミクロポリスのネズミ捜査官Mappyを操作し、Mapicoの誕生日のためにアイテムを集めながら、悪のボスキャットGoro率いるMewkiesの一味を避けて8つのステージを攻略していく。多層構造の横スクロールステージをクリアするとループし、より高い難易度でプレイヤーに新たな挑戦を与えてくれる。テーマが異なる各ステージでは、次のステージへの出口を開くために、最初のループのチーズのように指定されたアイテムをすべて集める必要がある。梯子やジップラインを使って移動することも可能だ。オリジナルのアーケード版から受け継がれた最もユニークな要素、トランポリンも健在だ。ステージの各フロア間をバウンドしている間はネコたちに捕まることはないが、ジャンプしすぎるとトランポリンが壊れてしまう。また、ステージごとに専用の武器も使用できる。大砲や、墓場ではゴーストガン、さらにMewkiesとGoroを無力化する陽動武器なども活用できる。