3作目のContraには5つのステージがある。横スクロールの標準的なステージが3つと、見下ろし視点のステージが2つだ。プレイヤーはそれぞれ異なる武器と操作性を持つ4種類のキャラクターを使い、敵や障害物を撃ち抜きながらステージを進んでいく。キャラクターはその場で切り替えることができ、また2人目のキャラクターを数秒間だけ呼び出してcover fireや攻撃のサポートをさせることも可能で、敵を一掃する際に役立つ便利な要素となっている。ただし、メニューからこの機能を有効にするとゲームの処理が重くなることがある。各キャラクターの武器はpower-upを入手し、一部のshooterに似たオンスクリーンメニューから変更・強化することができる。power-upはストックしておき、メーターを使って後から任意のタイミングで発動することも可能だ。仕組みとしては申し分ないが、ゲームプレイには改善の余地がある。ステージでは障害物や新しいステージギミックが矢継ぎ早に登場し、プレイヤーが状況に慣れる間もない。