Basé sur la version rééditée sur Famicom Disk System, ce portage du jeu d'arcade diffère de la version NTSC. Bien que Mario et Luigi doivent toujours frapper les ennemis par en dessous puis les botter pour les éliminer sur des niveaux à écran unique, cette version améliorée bénéficie de graphismes mis à jour, d'une nouvelle musique, et même de superbes cinématiques d'intermission qui présentent de nouveaux ennemis.