いたずら好きなMagikoopa・Kamekが赤ちゃんMarioを誘拐しようと企む中、愛らしく献身的なYoshiたちが赤ちゃんMarioを両親のもとへ送り届けようとする、豪華絢爛な横スクロールアクションアドベンチャー。各ステージでは、プレイヤーは緑・青・赤などさまざまな色のYoshiを操作する。Yoshiは舌を使って敵を捕まえ、そのまま飛び道具として吐き出すか、タマゴに変えるかを選べる。タマゴは最大6個までストックでき、自由に動くクロスヘアで狙いを定めて投げることができる。うまく狙いを定めれば、Shy Guyなどの敵だけでなく、スイッチや翼のついた雲にも命中させることができ、さまざまなボーナスや隠し要素を引き出せる。さらに、Yoshiは敵を踏みつけたり、食べられない敵に有効なグランドポンドで攻撃したり、ふわりと浮いて高い足場に届いたりすることもできる。場面によっては、Yoshiがヘリコプターや列車、モグラのような掘削機に変身することもあり、新たなミニパズルが楽しめる。