テレビシリーズを原作とした水中シミュレーション/シューターゲームで、技術的に高度な艦艇seaQuestを指揮せよ。プレイヤーは海洋のアイソメトリックビューで大型潜水艦を操作し、XとAで深度を変更、YとBで射撃を行う。SELECTボタンでブリッジを呼び出し、小型艇のドッキングベイやセクター内の重要地点を示すナビゲーションマップなど、艦内の各システムにアクセスできる。seaQuestの主な目的は、周囲の海域に潜む敵を撃破することだ。セクターを探索しながら、ナビゲーション画面に表示された地点に立ち寄り、資源の採掘も行える。これらの活動で得た資金を使って、潜水艦の兵装を購入したり、ミッション中に撃破された小型艇を補充することができる。ミッションの目標は多岐にわたり、敵の撃破に加えて、プルトニウムの回収や油漏れタンカーの封鎖といったメインミッションも存在する。サブミッションではseaQuestに搭載された小型艇を主に使用し、環境を横から捉えた接写サイドビューで展開される。