Sonic Blast Man regresa para enfrentarse a Yafu, un dictador intergaláctico dispuesto a erradicar del mundo todo rastro de humanidad. A diferencia del primer juego, que salpica sus desafíos con algunas travesuras desenfadadas, esta secuela adopta un tono más serio, abriéndose incluso con la destrucción de una ciudad entera.