Mario doit secourir Yoshi des griffes de Bowser et remettre des artefacts à leur place dans le temps dans ce titre éducatif. Dans un musée, Mario peut entrer par l'une des nombreuses portes qui mène à un mini-jeu de plateforme de type Mario Bros. arcade. Après avoir vaincu trois ennemis Koopa, le joueur recevra un artefact et pourra ensuite sauter dans une machine à voyager dans le temps et choisir parmi plusieurs époques à explorer.