Mario e Yoshi se unem no único título de Super Scope a trazer a principal franquia da Nintendo. Em vez de ser a vítima desta vez, a Princess Peach atua como coordenadora, enviando Mario e Yoshi a Jewelry Land para resgatar King Fret e Prince Pine de Bowser e dos Koopalings, que usaram as 12 gemas mágicas daquela terra para dividi-la ao meio. Armada com um Super Scope, a dupla precisa completar 12 fases distribuídas em dois mundos.